波风水门一起前去支援木叶前线防御部队的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司轻易结果了曾经叫嚣要结果他，却被他废了左臂的爆遁狩，还消灭掉了爆遁狩率领的一整支岩隐爆破小队，及时为仅剩四人的木叶前线防御部队解了围。
神无毗桥之战后，接到野原琳求援的神原真司，还从岩隐精锐部队的包围中，救下了留下断后，拖延时间的卡卡西和迈特凯两人。
也就是在这一战中，卡卡西以千鸟切断了岩隐忍者发动的大范围攻击术式所制造出来的雷电，让千鸟有了雷切之名，在这之后没多久，木叶与岩隐的战争便彻底结束了。
木叶历四十六年，由于金色闪光波风水门在前线的突出表现，以大野木为首的岩隐高层抽调千名忍者，穿过草忍者村对木叶进行突袭计划遭到遏制。
在神无毗桥一战失利，补给线被以金色闪光波风水门为首的小队切断后，面对砂隐介入的岩隐，只好选择了和木叶和平谈判，结束战争。
当然这里面也有猿飞日斩认下了承认岩隐活动，放弃战后索赔权力的合约的原因。
也正因为此，为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层志村团藏的压力，全面承担责任的猿飞日斩才主动退位，辞去了三代目火影的职位。
不肯轻易放手大权的猿飞日斩，在与大名的会议上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有恶意和野心，拒绝了让大蛇丸担任火影，随后提名徒孙波风水门接任他的位置，提名也顺利的通过了。
得知消息的大蛇丸，与志村团藏一致认为猿飞日斩此举是把波风水门当做傀儡，师徒一同掌控木叶。
从结果上来看，猿飞日斩在退位后依旧把持着极大的权力，暗部没有移交给波风水门，而是让水门自行组建直属暗部。
政务方面就更不用说了，以波风水门经验不足需要指导为由，从卸任到九尾之乱，猿飞日斩一直都没有放手政务。汜减汜
当然这些政治上的事情和神原真司没什么关系，战争结束给他也带来了不少的好处，除了修行时间的变多之外，也方便了他学习村子所拥有的高级忍术，乃至部分禁术。
在木叶，完成高级别的任务是可以申请学习新的忍术的，去执行有些特别危险的任务时，村子还会提前将忍术预支。
猿飞日斩在位时，神原真司很少用功绩来换取新的忍术，只换了几种B级的五遁术，大部分功绩都积攒了下来。
一来他是为了积攒更多功绩换取更高级的忍术，二来是他认为不是提出学习如飞雷神这种禁术的时候，因为猿飞日斩不一定会同意，而且如果因此暴露了野心就不值当了。
四代目波风水门刚继任没几天，神原真司便前往火影办公室，提出了将自己积累的战功和以前没有兑换的任务奖励全部兑换掉的请求，并指明了想要学习的忍术。芈何芈
刚继任没几天的波风水门，很爽快的答应了神原真司的请求，同意让他阅览所提出想要学习的所有忍术，并且还答应了可以指导他学习飞雷神之术。
不过波风水门也对他提出了一个要求，即希望神原真司能加入他所新组建的直属于他的暗部当中，担任队长之职，管理他所组建的几支暗部小分队，当然这其中不包括负责护卫火影的影卫队。
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